Николо-Перервинская обитель, по преданию, была основана во времена Куликовской битвы. Расположенная на берегу Москвы-реки, на возвышении, откуда открывались широкие дали, в глубине которых виднелись сорок сороков московских церквей, — она была поистине «обителью», тихим островком среди житейского моря. За красоту окружавшей ее природы, столь близкой каждому русскому сердцу, за удаленность от мирской суеты ее любили, посещали и благоукрашали такие замечательные иерархи Русской Церкви, как патриарх Адриан, митрополит Московский Платон (Левшин), а также уже прославленные святители Московские: патриарх Тихон (Белавин), митрополиты Филарет (Дроздов), Иннокентий (Вениаминов), Иоанникий (Руднев), священномученик Владимир (Богоявленский) и некоторые другие.
История Николо-Перервинского монастыря неразрывно связана с историей нашего Отечества. Примечательно само название монастыря, полученное им от близлежащей местности, — «Перерва». Оно исторически связано с тем, что Москва-река изменила здесь направление своего русла, как бы «прерывая» его, и повернула вправо к селу Коломенскому, расположенному напротив обители на другом берегу.
Впрочем, первоначально монастырь именовался «Никола Старый», однако уже в писцовых книгах XVI века под 1573-1574 годами монастырь именуется «Перервинским». В 1623 году в «Указе царя Михаила Феодоровича из Приказа Большого дворца» упоминается о деревянной церкви Николая Чудотворца, а также о том, что в обители имеется игумен и два старца. Можно предполагать, что в Смутное время монастырь был разорен поляками, подобно другим русским монастырям, а при царе Михаиле Феодоровиче отстроен заново. В царствование Алексея Михайловича положение обители значительно улучшается. Благодаря богатым царским дарам, а также пожертвованиям мирских и духовных лиц в 1649 году тут строятся каменные церкви: Успения Божией Матери (освящена в 1650 году) и Николая Чудотворца с колокольней (освящена в 1654 году). В 1674 году возводится еще один каменный храм — в честь преподобного Сергия Радонежского. В это же время во владение монастырю передана часовня в Москве между Неглинскими воротами (с 1680 года переименованными в Воскресенские), известная впоследствии как Иверская. Здесь в 1669 году был поставлен привезенный с Афона второй список Иверской иконы Божией Матери, сделавшийся вскоре одной из самых почитаемых русских святынь.